随着水产养殖业的发展，养殖业因病原微生物引起疾病时有发生，对养殖业危害极大。各养殖设施除加强管理外，在饲育水及使用的各类器具上消除病原微生物已成为一个重要课题。臭氧作为一种强氧化剂、消毒剂、催化剂不仅在工业上得到广泛的应用，实践证明臭氧亦在水消毒、改善水质、防止水产养殖系统内的疾病及赤潮解毒等领域得到了成功的应用。通过臭氧杀菌装置可对生物卵消毒 、 养殖水杀菌、设施消毒，可以防止病原体的侵入。臭氧具有强烈的杀菌消毒和水质净化作用，而且无毒无害，是水产养殖和育苗生产中最理想的杀菌净化剂，对防治鱼、虾、海胆、河蟹、甲鱼等生物病害，改善水产养殖的生态环境，有着重要的意义。
     

       水产养殖中使用臭氧育苗，现在成套的设备价格并不高，一次性投资也不大，而且可节约各种消毒剂，抗菌素，还可以减少换水量，节约燃料煤，应用臭氧育苗，其成活率至少可提高一倍以上，且一套设备可使用数年，从而既可大大节省养殖成本，又可培育出绿色环保食品，从各个方面讲是比较经济的。目前国际上大部分国家已广泛采用臭氧进行养殖，并禁止采用氯化物等化学消毒剂进行养殖而造成含氯素过高的产品进入其市场，各大报刊时有报道。
 

  •淡水养殖中的臭氧杀菌饲育用水的处理模式：（臭氧投加量： 1-2g.o3/m3水 ）
 
先以 0.1～0.3mg/L 浓度处理 5～10 分钟，再曝气到臭氧浓度 0.003mg/L 以下方可用作饲育水。
  •海水养殖中臭氧杀菌饲育用水的处理模式图：（臭氧投加量：每m3水投加 1 ～ 3g）
 
图中所示先以 0.1～0.5mg/L 浓度处理 5～10min，再经活性炭槽到臭氧浓度0.003mg/L 以下方可用作饲育水。
  注意：海水养殖需经活性炭槽等将臭氧气体及所生成的强氧化剂去除，不能等同于淡水养殖工系。